Povestea lui Ezio

Jocul începe la aproximativ 1-2 ore după evenimentele din Assassin's Creed, unde, în anul 2012, Desmond Miles este ţinut prizonier de Cavalerii Templieri moderni în Abstergo Industries, după ce a fost forţat să retrăiască amintirile genetice a strămoşului său, Altair, pentru a ajuta Abstergo în locaţia artefactelor cunoscute colectiv ca "Pieces of Eden"(Bucăţile Edenului).
Datorită efectului "hemoragie", Desmond a obţinut Eagle Vision(vederea de şoim), care să îi permită să vadă o varietate de mesaje şi simboluri scrise în sânge de pe zidul dormitorului său de către fostul său ocupant, cunoscut doar ca "Subiectul 16". În timp ce se uita la mesaj, fostul angajat şi cercetător Abstergo, Lucy Stillman ajunge, acoperită în sânge, şi îl eliberează pe Desmond din cameră. El a intrat din nou la scurt timp în Animus în timp ce ea face o copie a fişierelor situate în maşină. Cei doi evadează, după o încăierare scurtă, cu gărzile şi ajung la o fabrică unde Lucy şi doi asasini din zilele noastre, Shaun Hastings şi Rebecca Crane au creat propria lor bază de operaţiuni, completată cu propria versiune a unui Animus.
Desmond este rugat să intre în versiunea lor de Animus şi să retrăiască memoria genetică a strămoşului său Ezio Auditore da Firenze pentru a continua căutarea pentru piesele rămase din Eden înainte ca Abstergo să le localizeze. Numărul din Ordinul Assassins fiind serios în scădere, Lucy îl informează Desmond că ea intenţionează să îl antreneze pe Desmond în diferite abilităţi necesare pentru a deveni un asasin prin exploatarea efectului de "hemoragie" şi să absoarbă abilităţile lui Ezio.
Ezio, care trăieşte în Italia în timpul Renaşterii, la aproximativ 300 ani de la momentul lui Altair, este de aproximativ 17 ani atunci când el descoperă că familia sa a fost trădată de un prieten apropiat al tatălui său, în mijlocul unui complot politic. Ezio este în cele din urmă în imposibilitatea de a-i salva pe fraţii lui, şi tatăl de la trădarea menţionată şi toţi trei sunt condamnaţi pentru trădare şi spânzuraţi.
Instrucţiunile finale ale tatălui lui Ezio îl duc la o cameră ascunsă în casa familiei, cu un bust conţinând îmbrăcăminte şi arme de asasin. Ezio îşi aduce sora panicată şi mama devenită mută la vila familiei într-o zonă rurală unde acestea sunt adăpostite de unchiul lui Ezio, Mario, care începe să îl antreneze pe Ezio pentru a deveni un asasin. Mario, de asemenea, îi oferă informaţii şi îl conduce la conspiratorii implicaţi în trădarea familiei sale, care devine un traseu ce se întinde de la Florenţa la San Gimignano, Forlì, Veneţia, şi în cele din urmă la Vatican.
În timpul călătoriilor sale, Ezio se împrieteneşte cu cetăţeni din Italia, care îl ajută în urmărirea lui de răzbunare, inclusiv un tânăr Leonardo da Vinci, care traduce şi decodează paginile Codexului lui Altair, care să îi permită lui Ezio să obţină arme şi competenţe noi pentru asasinat. Ezio începe încet localizarea şi asasinarea conspiratorilor implicaţi şi, în cele din urmă este capabil să îl identifice pe Rodrigo Borgia, ca lider global, al cărui obiectiv principal este de a termina familia Medici, şi să preia controlul diferitelor porţiuni din Italia.
Ezio îl urmăreşte pe Borgia la Veneţia şi descoperă că Borgia a obţinut Piece of Eden cunoscută doar ca "Apple", o piesă pe care Altair a posedat-o cu aproape trei secole înainte. Borgia a cercetat despre Pieces of Eden extensiv şi consideră că el însuşi ar fi un profet numit în documentaţia pieselor, ceea ce i-ar duce în cele din urmă pe el şi pe templieri într-o locaţie cunoscută doar ca "Vault", care se crede că ar conţine informaţii puternice şi mai mult Pieces of Eden.
Ezio şi Borgia se duelează şi atunci când Ezio începe să domine, gardienii apar şi începe să mute lupta în favoarea lui Borgia. Aliaţii lui Ezio pe care i-a făcut de-a lungul anilor ajung şi ei la scurt timp după înfrângerea lui Borgia, care fuge de teama vieţii sale, lăsând în urmă Apple. Aliaţii şi prietenii lui Ezio dezvăluie în cele din urmă o trăsătură comună a acestora - că toţi sunt membri ai Ordinului Assassins, inclusiv marele Niccolò Machiavelli. Ei îl introduc pe Ezio în cadrul Ordinului, informându-l că ei cred că el este profetul real, care nu îi va duce pe templieri, ci pe Assassins la Vault.
Desmond ia pauze scurte de la Animus şi în timpul unuia este testat de Lucy pentru a vedea dacă efectul de sângerare a fost utilizat. Desmond este în măsură să demonstreze toate competenţele lui Ezio, indicând faptul că el a absorbit ani de abilitati în numai o chestiune de ore. În această pauză, cu toate acestea, Desmond suferă o halucinatie stranie şi în care se întoarce la corpul lui Altair în Acre. În timpul memoriei, Altair face dragoste cu Maria, o Templieră, şi Desmond este confuz pentru că realizează că, după ce Altair pleacă, memoria rămâne în urmă cu Maria.
De-a lungul amintiri genetice, la fel ca Ezio, Desmond descopera simbolurile introduse la mai multe puncte de reper diferite, care sunt vizibile doar pentru altcineva care foloseşte Animus. Simbolurile sunt considerate a fi aceleaşi trase pe perete în dormitorul Abstergo al lui Desmond, şi analiza relevă faptul că acestea conţin cod de computer, ascuns în Animus. Este în cele din urmă, descoperit că Subject 16 a hack-uit Animus şi a plasat în cadrul lui simbolurile amintirilor el însuşi, care au fost trecute în noul Animus atunci când Lucy a recuperat datele la Abstergo. Fiecare simbol conţinea un număr mare de lucrări istorice, fotografii şi mesaje, trecute şi prezente, implicând un număr mare de evenimente proeminente şi cifre cu templierii, şi piese de Eden. Fiecare conţinea, de asemenea, un puzzle de-un fel care, atunci când rezolvat conţinea clipuri video dintr-unul mai mare. Clipurile, cu toate acestea, sunt scurte şi discontinue. După localizarea şi rezolvarea tuturor celor douăzeci de simboluri, un video este dezvăluit.
Videoclipul incepe cu logo-ul Abstergo arătat deasupre titlului, "Subject 16, Session 12, Classified Date B.C.E." Filmul arată un bărbat şi o femeie, care folosesc apelativele "Adam" şi "Eva", care se desfăşoară printr-o lume ciudat de modernă şi futuristă, aparent, fiind urmariţi de cineva sau ceva. Ei trec printr-un complex unde lucrătorii sunt ocupaţi de construirea mai multor piese de Eden şi urcă la acoperiş. Eva ţine Apple sus şi filmul se termină brusc, cu o imagine rapidă de cod binar care se traduce "Eden".
Desmond se întoarce la Animus şi echipa constată că multe dintre amintirile următoare sunt deteriorate. Ei sunt în măsură să înceapă din nou, dar numai la ani de la lupta dintre asasini şi Borgia. Amintirile reîncep în 1499 şi echipa descoperă că Borgia câştigat influenţă şi putere în Biserica Catolică, în cele din urmă devenind Pope Alexander VI. Ezio şi aliaţii săi au căutat lung şi au colectat cu greu toate treizeci de pagini ale Codex şi au descoperi, prin acesta, că Vault se află la Roma, în special în cadrul Vaticanului. Ei dau seama că bastonul papal este o altă piesă de Eden şi Borgia speră să-l folosească pentru a obţine accesul la Vault.
Ezio se deplasează la Vatican şi încearcă să îl asasineze pe Borgia. Cu toate acestea, Borgia foloseşte bastonul împotriva lui Ezio care răspunde cu Apple. În timpul bătăliei urmate, Ezio este înjunghiat şi Borgia fuge cu ambele Pieces of Eden. Ezio îl urmăreşte şi îl găseşte pe Borgia încercând să deschidă Vault în zadar. Cei doi luptă încă o dată şi în cele din urmă Borgia cade. Cu toate acestea, Ezio refuză să-l omoare, insistând că el a ucis suficient în viaţa sa şi dacă moartea ar continua nu va inversa moartea a familiei sale.
Ezio însuşi se dovedeşte a fi Profet atunci când în mâinile sale, Apple şi bastonul deschid Vault şi Ezio păşeşte înăuntru. În interiorul Vault, el nu găseşte Pieces of Eden, dar o cameră goală şi o figură holografică ce pretinde a fi Minerva. Ea susţine că ea l-a adus pe Ezio, astfel încât aproape şase sute ani mai târziu, Desmond şi aliaţii săi ar auzi cuvintele ei prin intermediul Animus.
Minerva explică faptul că ea şi rasa ei au fost o parte a unei societăţi avansate, care se stabiliseră pe Pământ înainte de un eveniment ceresc care a distrus cele mai multe din rasele de pe Pământ. Membrii rămase din specia ei au reconstruit lumea cât de bine au putut şi l-au creat pe om ca o imagine a lor. Cele două rase au trăit una lângă alta pentru un timp înainte de pornire în cele din urmă la război. Omul aparent a câştigat şi cei rămaşi din rasa avansată s-au sigilat în temple din întreaga lume, în speranţa de a preveni acelaşi dezastru care a distrus cei mai mulţi din rasa lor să apară încă o dată. Cum Minerva termină de vorbit, ea îl strigă pe Desmond pe nume şi îl informează că ea a făcut tot ce trebuie şi restul rămâne pe umerii lui şi aliaţilor săi.
Memoria se termină şi Desmond se trezeşte în prezent să constate că Abstergo i-a localizat şi a început să atace Asasinii în timp ce Shaun şi Rebecca îl scot din Animus. Desmond primeşte o lamă ascunsă de la Lucy şi la cei doi aleargă la parter pentru a-i opri pe gardieni pentru ca Shaun şi Rebecca să împacheteze echipamentul lor. Cu competenţele absorbite din Ezio, Desmond este capabil de a opri gardienii care au fost trimişi împotriva lor şi el îl descoperă pe Warren Vidic în partea din spate a unui camion. El îi spune sarcastic lui Desmond să se bucure de victoria sa temporară şi camionul pleacă. Shaun şi Rebecca termină colectarea echipamentelor şi Lucy îl asigură că Desmond Vidic va primi ceea ce merită.
Grupul pleacă din ascunzătoare şi merg la nord la o cabină unde, în conformitate cu Lucy, aceştia ar trebui să fie în siguranţă ceva timp. Pe măsură ce conduce, Lucy se pregăteşte să revizuiască benzile de sesiune cele mai recente ale lui Desmond, observând modul în care situaţia a degenerat în mod dramatic şi modul în care cuvintele Minervei s-au dovedit a fi tot ceea ce ei îi era frică de. Ea emite o teorie conform căreia Minerva a discutat inversarea geomagnetică a Pământului, care ar putea avea efecte negative pe planetă. Rebecca pregăteşte Animus pentru ca Desmond să intre din nou în timp ce Lucy speculează că pot exista mai multe de descoperit, în amintirile sale.